Іргелі және қолданбалы жұмыстарды кеңейту, оларды жан-жақты қолдау және ынталандыру өңір мен мемлекет үшін басым маңызы бар жалпыұлттық маңызы бар ғылыми-техникалық бағдарламалар мен жобаларды орындауға бағытталған университеттің ғылыми саясатының негізгі бағыттарының бірін құрайды.

Университетте ғылыми зерттеу бағыттарын қалыптастыру елдің индустриялық-инновациялық дамуының мемлекеттік стратегиясына сәйкес жүргізіледі. Университетте ғылыми зерттеулердің 7 негізгі бағыты анықталды:

1. Экологиялық қауіпсіз тамақ өнімдерін өндіру үшін шикізатты өңдеудің прогрессивті техникасы мен технологиялары;
2. Агроөнеркәсіптік кешендегі Биотехнология және наноматериалдар;
3. Жаңа буын өнімдерін өндіруге арналған ресурстарды үнемдейтін, қауіпсіз тоқыма технологиялары;
4. Жеңіл өнеркәсіп өнімдерін жобалау тұжырымдамалары мен әдістері;
5. Технологиялық процестерді инфокоммуникациялық басқару;
6. Ішкі туризмнің тұрақты дамуы;
7. Азық-түлік, жеңіл өнеркәсіп және қонақжайлылық индустриясы кәсіпорындарының экономикасын басқарудың инновациялық тетіктері.

Бүгінгі таңда Алматы технологиялық университетінде үш ғылыми-зерттеу институты, ет, сүт өңдеу, ашыту өнімдерін, қоғамдық тамақтандыру өнімдерін, құрама жемді, астық қоспаларын, майлар мен қоспаларды өндіру жөніндегі оқу-ғылыми орталықтары, макарон және нан орталығы, сондай-ақ мейрамхана-қонақ үй бизнесі жөніндегі орталық жұмыс істейді. Оқу-ғылыми орталықтардың жұмыс істеуі жоғары білікті мамандарды даярлауға және білім, ғылым, өндіріс интеграциясы негізінде ғылыми зерттеулер жүргізуге мүмкіндік береді.

Университет ғылыми-зерттеулерінің нәтижелерін енгізу бойынша кәсіпорындармен белсенді жұмыс жүргізуде. Қазіргі уақытта «Беккер» ЖШС, «Efes Kazakhstan» ЖШС, «Carlsberg Kazakhstan» ЖШС, «Stella Alpina» ЖШС, «Шымкент-Кашемир» ЖШС, «Azala Textile» ЖШС, «Алматы-нан» ЖШС және т.б. тамақ және жеңіл өнеркәсіп кәсіпорындарымен жұмыс жүргізілуде. Сонымен қатар, кәсіпорындар тарапынан технологияларды әзірлеуге тапсырыстар бар.

Профессор-оқытушылар құрамы, университеттің жас ғалымдары үшін, сонымен бірге жақын шет елдердің ұйымдарының авторлары үшін «Алматы технологиялық университетінің хабаршысы» ғылыми журналы маңызды рөл атқарады, ол ҚР ҒЖБМ ҒЖБССҚК тамақ, жеңіл және қайта өңдеу өнеркәсібі бағыттары бойынша ғылыми қызмет нәтижелерін жариялау үшін ұсынған басылымдар тізбесіне кіреді.

Осылайша, АТУ-ның ғылыми-зерттеу және инновациялық қызметі университет қызметінің негізгі бағыттарының бірі болып табылады.